Entre los temas de investigación en los que nos hemos enfocado, se encuentran la comprensión de diferentes formas de violencia, la desigualdad social, la explotación del medio ambiente, la violación sistemática de derechos humanos, y el crimen organizado en México como producto del desarrollo del capitalismo tardío en un contexto global. Por esta razón, antes que una agenda temática, lo que ha identificado a México vía Berlín desde sus inicios es el interés por comprender, sobre la base de diversas críticas al sistema económico mundial, las relaciones Alemania-México, en particular, y Europa-América Latina, en general.
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